Viele Familien bemerken das Prader–Willi-Syndrom erstmals in der Neugeborenenzeit, wenn ein Baby einen sehr niedrigen Muskeltonus hat, sich ungewöhnlich „schlaff“ anfühlt, leise weint und Schwierigkeiten hat, zu trinken oder wach zu bleiben. Wenn Säuglinge heranwachsen, können Ärztinnen und Ärzte zunächst eine langsame Gewichtszunahme beobachten und dann, etwa im frühen Kindesalter, einen Übergang zu anhaltendem Hunger (Hyperphagie) und rascher Gewichtszunahme, zusammen mit Verzögerungen bei motorischen und sprachlichen Entwicklungsschritten – das sind oft die ersten Anzeichen des Prader–Willi-Syndroms, die eine genetische Testung veranlassen. Manche bemerken außerdem Merkmale wie mandelförmige Augen, eine schmale Stirn oder kleinere Hände und Füße, was Fachleuten helfen kann zu erkennen, wie das Prader–Willi-Syndrom zunächst auffällt.