De nombreuses familles remarquent d’abord le syndrome de Chédiak-Higashi chez le nourrisson, lorsque le bébé présente des yeux, des cheveux ou une peau étonnamment clairs par rapport à son origine, souvent associés à une photophobie (sensibilité à la lumière) et à des yeux dont les mouvements sont instables en raison d’un nystagmus. Des infections récurrentes et difficiles à traiter — comme des infections cutanées fréquentes, des pneumonies ou des aphtes — constituent un autre signe précoce, parfois associé à une tendance aux ecchymoses ou à des saignements prolongés après de petites coupures. Les médecins peuvent reconnaître ce tableau dès la période néonatale ou lors des premières consultations pédiatriques et le confirmer par des analyses sanguines montrant de volumineux granules dans les globules blancs et une fonction des cellules tueuses naturelles (natural killer) très basse — les premiers signes classiques du syndrome de Chédiak-Higashi.