De nombreuses familles remarquent d’abord quelque chose d’inhabituel dès la petite enfance, avec des bébés plus petits que prévu, des difficultés d’alimentation, des ecchymoses fréquentes, ou des infections qui ne s’améliorent pas en raison d’une baisse des cellules sanguines. Les médecins peuvent repérer les premiers signes d’anémie de Fanconi groupe de complémentation q lors des bilans de routine ou des suivis de dépistage néonatal, comme une anémie, une taille inhabituellement petite, des anomalies des membres ou du pouce, des changements de couleur de la peau tels que des taches « café-au-lait », ou encore des éléments à l’échographie prénatale qui conduisent à proposer un test génétique. À mesure que les enfants grandissent, la répétition des analyses sanguines montrant une baisse des globules rouges, des globules blancs et des plaquettes confirme souvent les inquiétudes, ce qui conduit à une évaluation des « premiers signes d’anémie de Fanconi groupe de complémentation q » et à la réalisation de tests génétiques pour établir le diagnostic.